提速近10倍！基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日，中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用，将助力深度学习在全基因组选择中的应用，为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物（Molecular Plant）》上。
全基因组选择作为新一代育种技术，通过构建预测模型，根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择，从而缩短育种世代间隔，加快育种进程，节约成本，推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心，极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型，难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型，非线性模型（如深度网络神经）具备分析复杂非加性效应的能力，人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机，深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料，通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比，该方法有以下优点： 可以利用多组学数据开展全基因组预测；算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构，可以有效降低模型错误率，提高运行速度；预测精度稳健，在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当，在大规模数据集上预测优势更加明显；计算时间与传统方法相近，比已有深度学习方法提速近10倍；超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
查干湖鱼香四海 渔家姐妹新年卖鱼忙******
(新春走基层)查干湖鱼香四海 渔家姐妹新年卖鱼忙
中新网松原1月8日电 (高龙安)晚上的查干湖渔场灯火通明，曲丽杰和伙计们要在这里选出二百条二十来斤的大鱼，趁新鲜清理干净，再装进保温箱，赶在第二天早上第一班物流装车发货。
查干湖位于松原市，是吉林省最大的天然湖泊，位列中国十大淡水湖之一。查干湖冬捕闻名于世，当地渔业和旅游业因此发展迅速。这个冬捕季，一网“头鱼”拍出了1699999元的高价。
曲丽杰是一位“90后”渔家姑娘，和姐姐曲丽敏从小生活在查干湖畔。十年前，曲丽杰大学毕业后选择返乡创业，和家人一起经营鱼馆生意。
现在，曲丽杰在新开发的北湖区域开了一家新店，足够三四百人同时用餐，最近一个月是她最忙的时候。“我每天早上4点起床查订单，7点开始装车发快递，中午起锅炖鱼迎接客人，晚上去渔场选鱼。”
曲丽杰展示一条30多斤的大鱼。 受访者供图查干湖的胖头鱼最为有名，吃法多样，鱼头可以做剁椒鱼头，鱼身能酱炖和包饺子，鱼尾煎着吃最有味。十几斤的鱼销量最好，一条足够五六人吃，三十来斤的大鱼有一米长，绝对是抢手的稀罕货。
曲丽杰说，订鱼的客户大多来自北京、河北、山东、吉林等地。近几年，广东、海南等地的订单也逐渐增多。“往广东发一单的费用将近300元，但客人就认这一口，宁可多花点钱。”
姐姐曲丽敏开店时间比曲丽杰早，客户也更多，这几年她还经营起了住宿生意。曲丽敏说，今年接待了几批安徽、广西等地的客人，他们对冬捕很好奇，她经常起早带客人去现场观看。
早上的查干湖寒气逼人，北风一过，雪如烟尘四起，不少南方客人会趴在冰面上，拿手机拍拉网出鱼的瞬间。
曲丽敏说，南方客人让她刷新了不少知识点。“有一次客人要吃鳙鱼，我以前没听说过这种鱼，客人就指着池子里的胖头鱼说，这就是鳙鱼，我才知道胖头鱼又叫鳙鱼。去年有个广东大姐想吃用鳌花鱼煮的粥，我们没有这种做法，她就教我做，一尝味道真的很鲜。”
查干湖鱼畅销的背后是当地生态环境在逐年向好。这些年，通过吉林西部河湖连通、查干湖湿地保护与恢复等工程，实现了查干湖与松花江、嫩江的水体转换。当地坚持开展增殖放流，每年向湖中投放约1000万尾鱼苗，这些鱼能滤食水中藻类，起到净化水质的作用。
今年68岁的朱连贵是查干湖的退休渔民。他说，冬捕用的是6寸网眼的网，只打成鱼，小鱼进不了网，来年接着长，所以查干湖年年有鱼。这些年，湖里鱼肥了、水清了、水鸟也多了，朱连贵不能一一叫出这些水鸟的品种，他只知道没有好环境，就有没眼前的好光景。
曲家姐妹说，她们至少要忙到春节前，一天也不想休息，这种状态让她们极为充实，是她们心中真正的“向往的生活”。(完)
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